Komitmen terhadap anggaran pendidikan di Kota Pekalongan masih perlu ditingkatkan. Hal ini disebabkan meskipun anggaran pendidikan jumlahnya telah mencapai 28% dari total keseluruhan APBD 2016, namun 83% nya digunakan untuk belanja pegawai sementara belanja program dan pemenuhan sarana dan prasarana pendidikan hanya sebesar 17% dari total anggaran pendidikan itu sendiri, atau setara dengan 96.000 per anak per bulan.

Hal ini pula yang menyebabkan indikator Anggaran APBD bidang pendidikan dibagi jumlah siswa sampai jenjang pendidikan 9 tahun (disesuaikan dengan index kemahalan konstruksi provinsi) Kota Pekalongan hanya mendapatkan score index 2,09 dari skala indeks 10.